İlk olarak, en yaygın sorun olan kullanım ortamının yetersiz hava geçirmezliği. Hava temizleyicilerin nispeten hava geçirmez bir alanda döngüsel arıtma yapması gerekir. Kullanım sırasında kapılar ve pencereler açık bırakılırsa, dışarıdan kirli hava içeri girmeye devam eder ve arıtma hızı kirlilik giriş hızına yetişemez, doğal olarak zayıf bir etki hissedilir; ikincisi, model ve oda alanı uyumsuzluğu. Büyük bir alanda düşük CADR değerine sahip bir model kullanılırsa, arıtma aralığı eksik kalır ve yerel hava kalitesi iyileştirilemez; küçük bir odada yüksek CADR değerine sahip bir model kullanılırsa, hızlı arıtma sağlayabilse de, yüksek rüzgar hızında enerji israfına ve gürültüye neden olur; üçüncüsü, filtre bakımının zamanında yapılmaması. Filtre, arıtmanın çekirdeğidir. Uzun süre değiştirilmezse, HEPA filtresi toz kapasitesi doygunluğu nedeniyle partikülleri tutamaz ve aktif karbon filtresi adsorpsiyon doygunluğundan sonra kirleticileri serbest bırakır; bu da sadece arıtma verimliliğini düşürmekle kalmaz, aynı zamanda ikincil kirliliğe de neden olabilir.