ประการแรก ความแน่นหนาของสภาพแวดล้อมการใช้งานไม่เพียงพอ ซึ่งเป็นปัญหาที่พบได้บ่อยที่สุด เครื่องฟอกอากาศจำเป็นต้องสร้างกระบวนการฟอกอากาศแบบหมุนเวียนในพื้นที่ที่ค่อนข้างแน่นหนา หากเปิดประตูและหน้าต่างทิ้งไว้ขณะใช้งาน อากาศเสียจากภายนอกจะไหลเข้ามาอย่างต่อเนื่อง และความเร็วในการฟอกอากาศจะไม่สามารถตามทันความเร็วของการไหลเข้าของมลพิษ ทำให้รู้สึกว่าประสิทธิภาพลดลง ประการที่สอง รุ่นไม่เหมาะสมกับพื้นที่ห้อง หากใช้รุ่นที่มีค่า CADR ต่ำในพื้นที่ขนาดใหญ่ ขอบเขตการฟอกอากาศจะไม่สมบูรณ์ และคุณภาพอากาศในบริเวณนั้นจะไม่ดีขึ้น หากใช้รุ่นที่มีค่า CADR สูงในห้องขนาดเล็ก แม้ว่าจะสามารถฟอกอากาศได้อย่างรวดเร็ว แต่จะทำให้สิ้นเปลืองพลังงานและเกิดเสียงดังเนื่องจากความเร็วลมสูง ประการที่สาม การบำรุงรักษาตัวกรองไม่ทันเวลา ตัวกรองเป็นหัวใจสำคัญของการฟอกอากาศ หากไม่เปลี่ยนไส้กรองเป็นเวลานาน ไส้กรอง HEPA จะไม่สามารถดักจับอนุภาคได้เนื่องจากความจุในการดักจับฝุ่นอิ่มตัว และไส้กรองถ่านกัมมันต์จะปล่อยสารมลพิษออกมาหลังจากอิ่มตัวในการดูดซับ ซึ่งไม่เพียงแต่จะลดประสิทธิภาพการกรองเท่านั้น แต่ยังอาจก่อให้เกิดมลพิษรองได้อีกด้วย