ระบบการกรองถือเป็นหัวใจสำคัญของการบำรุงรักษา และมีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในลำดับความสำคัญและรอบการบำรุงรักษาของตัวกรองแต่ละชนิด ตัวกรองอากาศหลัก (ติดตั้งด้านหน้า) ทำหน้าที่ดักจับฝุ่นละอองขนาดใหญ่และควันน้ำมัน ซึ่งมีแนวโน้มที่จะอุดตันและทำให้ปริมาณอากาศลดลง จำเป็นต้องเป่ากลับด้วยลมอัด (แรงดัน ≤ 0.3 MPa) ทุกวัน ถอดประกอบและทำความสะอาดด้วยผงซักฟอกที่เป็นกลางทุกสัปดาห์ และเปลี่ยนใหม่หลังจากใช้งาน 1-2 เดือน แผ่นกรองประสิทธิภาพสูง HEPA ทำหน้าที่กรองฝุ่นละเอียดและไม่สามารถทำความสะอาดได้ จำเป็นต้องตรวจสอบด้วยมาตรวัดความดันต่างและเปลี่ยนทันทีเมื่อความดันต่างมีค่า ≥ 250 Pa ในสภาพการทำงานปกติ รอบการเปลี่ยนคือ 3-6 เดือน และควรลดเหลือ 1-2 เดือนในโรงงานอาหารที่มีความเข้มข้นของควันน้ำมันสูง ตาข่ายแยกควันน้ำมันเป็นส่วนประกอบเฉพาะสำหรับอุตสาหกรรมอาหารและอุตสาหกรรมจัดเลี้ยง ควรเช็ดคราบน้ำมันที่ผิวเครื่องทุกวัน และแช่น้ำด่างร้อนเพื่อทำความสะอาดทุกสัปดาห์ เพื่อป้องกันไม่ให้คราบน้ำมันแข็งตัวและอุดตันรูตาข่าย ซึ่งส่งผลต่อประสิทธิภาพการระบายควัน ข้อควรระวังระหว่างการบำรุงรักษาคือ ต้องตัดกระแสไฟฟ้าก่อนเปลี่ยนไส้กรอง และควรติดแถบยางซีลให้แน่นเมื่อติดตั้งไส้กรองใหม่ เพื่อป้องกันการรั่วไหลของอากาศและความล้มเหลวในการกรอง