सबसे पहली समस्या है उपयोग के वातावरण की अपर्याप्त वायुरोधीता। एयर प्यूरीफायर को अपेक्षाकृत वायुरोधी स्थान में चक्रीय शुद्धिकरण की आवश्यकता होती है। यदि उपयोग के दौरान दरवाजे और खिड़कियां खुली छोड़ दी जाएं, तो बाहरी प्रदूषित हवा लगातार अंदर आती रहेगी, और शुद्धिकरण की गति प्रदूषण की प्रवेश गति के साथ तालमेल नहीं रख पाएगी, जिससे स्वाभाविक रूप से नकारात्मक प्रभाव पड़ेगा। दूसरी समस्या है मॉडल और कमरे के क्षेत्रफल का बेमेल होना। यदि कम CADR मान वाले मॉडल का उपयोग बड़े स्थान में किया जाता है, तो शुद्धिकरण क्षेत्र अपूर्ण होगा, और स्थानीय वायु गुणवत्ता में सुधार नहीं होगा; यदि अधिक CADR मान वाले मॉडल का उपयोग छोटे कमरे में किया जाता है, तो भले ही यह तेजी से शुद्धिकरण कर सकता है, लेकिन तेज हवा की गति पर ऊर्जा की बर्बादी और शोर का कारण बनेगा। तीसरी समस्या है फिल्टर का समय पर रखरखाव न होना। फिल्टर शुद्धिकरण का मुख्य अंग है। यदि इसे लंबे समय तक नहीं बदला जाता है, तो HEPA फिल्टर संतृप्त धूल क्षमता के कारण कणों को रोकने में असमर्थ हो जाएगा, और सक्रिय कार्बन फिल्टर सोखने की संतृप्ति के बाद प्रदूषक छोड़ेगा, जिससे न केवल शुद्धिकरण दक्षता कम होगी बल्कि द्वितीयक प्रदूषण भी हो सकता है।