התפקיד העיקרי של מנוע מטהר אוויר הוא להניע את זרימת האווירעל ידי הקמת מערכת כוח אוויר פנימית (מערכת דינמיקת אוויר) בתוך המכשיר, הוא שואב אוויר מזוהם בתוך הבית לתוך גוף המטהר. לאחר סינון האוויר דרך מסך המסנן, האוויר הנקי נשאב החוצה, ויוצר תהליך מחזורי של "יניקה - סינון - פריקה". בסופו של דבר, זה מממש את טיהור האוויר בתוך הבית. פונקציה מרכזית זו קובעת ישירות את יעילות הטיהור, רמת צריכת האנרגיה, בקרת הרעש ואורך החיים של מטהר האוויר, מה שהופך אותו למרכיב מפתח המשפיע על הביצועים הכוללים של המכשיר.
מנקודת מבט של יעילות טיהור, ה ביצועי נפח אוויר ולחץ אוויר של המנוע הם גורמי השפעה מרכזיים. נפח האוויר קובע את נפח האוויר שהמטהר יכול לעבד ליחידת זמן. ככל שנפח האוויר גדול יותר, כך אזור כיסוי הטיהור של המכשיר רחב יותר, וכך קצב הדילול של מזהמים כמו פורמלדהיד ו-PM2.5 מהיר יותר. לחץ אוויר, לעומת זאת, משפיע על יכולת זרימת האוויר לחדור דרך מסך המסנן. כאשר מסך המסנן צובר אבק לאחר שימוש למשך זמן, לחץ אוויר לא מספק יגרום לחסימה לזרימת האוויר. גם אם מסך המסנן עדיין בעל יכולת סינון, יעילות הטיהור תפחת משמעותית. לדוגמה, מטהרי אוויר המצוידים במנועי DC ללא מברשות יכולים בדרך כלל להשיג התאמה מדויקת של נפח האוויר ולחץ האוויר. כאשר מדובר בחדר שינה של 15-30 מ"ר, הם יכולים להתאים אוטומטית נפח אוויר של 300-500 מ"ק לשעה בהתאם לריכוז הזיהום, תוך הבטחה שריכוז PM2.5 יופחת מערך מוגזם מתחת לתקן הבטיחות תוך 30 דקות. לעומת זאת, למנועי AC באיכות ירודה יש טווח צר של כוונון נפח האוויר, מה שעלול להוביל לבעיות כגון "נפח אוויר מוגזם בחללים קטנים וכתוצאה מכך בזבוז אנרגיה, ונפח אוויר לא מספק בחללים גדולים המוביל לטיהור איטי".
מבחינת חוויית משתמש, ה בקרת רעש וביצועי צריכת אנרגיה של המנוע הם קריטיים. מטהרי אוויר משמשים בעיקר בחללים סגורים כמו חדרי שינה וחדרי עבודה. הרעש שנוצר על ידי המנוע במהלך הפעולה משפיע ישירות על מנוחת המשתמש או על עבודתו. מנועי DC ללא מברשות יכולים להפחית את רעש הפעולה עד ל-25 דציבלים (שווה ערך לצליל לחישה) על ידי אופטימיזציה של מבנה הרוטור ותכנון המעגל המגנטי. גם כאשר הם פועלים במהירות נמוכה בלילה, הם לא יפריעו לשינה. עם זאת, בשל החיכוך הגדול של הרוטור במנועי AC מסורתיים, הרעש עדיין עשוי לעלות על 40 דציבלים כאשר הם פועלים במהירות נמוכה, דבר שעלול לגרום לאי נוחות לאחר שימוש ממושך. מבחינת צריכת אנרגיה, יעילות המרת האנרגיה החשמלית של מנועי DC ללא מברשות יכולה להגיע ליותר מ-85%. בהשוואה למנועי AC עם יעילות המרה של כ-60% בלבד, כאשר הם פועלים 24 שעות ביממה, הם יכולים לחסוך כ-5-8 קוט"ש חשמל לחודש, מה שיכול להפחית משמעותית את הוצאות החשמל בטווח הארוך.
בנוסף, ה- יציבות ועמידות של המנוע משפיע גם הוא על חיי השירות של מטהר האוויר. מנועים איכותיים משתמשים במסבים מדויקים וסלילים עמידים לטמפרטורות גבוהות, שיכולים לשמור על ביצועים יציבים במהלך פעולה רציפה, עם חיי שירות של 8000 - 10000 שעות (אם משתמשים בהם במשך 8 שעות ביום, ניתן להשתמש בהם במשך 3 - 4 שנים). עם זאת, עקב איכות ירודה של רכיבים במנועים באיכות נמוכה, בעיות כגון מהירות מופחתת ורעש מוגבר עלולות להתרחש לאחר 1-2 שנים של שימוש. זה לא רק משפיע על אפקט הטיהור, אלא גם דורש החלפת המנוע כדי להמשיך להשתמש בו, מה שמגדיל את עלות התחזוקה.



